Quốc sử quán trong suốt 125 năm hoạt động đã để lại rất nhiều công trình lịch sử địa lý quy mô, được biên soạn một cách chặt chẽ nhất theo phong cách viết sử Việt Nam kết hợp Trung Quốc. Số công trình có thể được chia thành các nhóm[1]:

Địa chí

1. Quốc chí:
   • Hoàng Việt nhất thống địa dư chí của Lê Quang Định soạn năm 1806 nhưng chưa được in: nội dung chủ yếu về các trấn sở và hệ thống giao thông Việt Nam thời bấy giờ[2]
   • Hoàng Việt địa dư chí của Phan Huy Chú in lần đầu năm 1833 thời Minh Mạng, viết về thay đổi về địa lý hành chính, người nổi tiếng, sản vật, nghề thủ công các địa phương Việt Nam.
   • Đại Việt địa dư toàn biên (hay Phương Đình dư địa chí) do Nguyễn Văn Siêu và Bùi Quỹ soạn thời Tự Đức, in năm 1900 với phần lời tựa do Nguyễn Trọng Hợp đề. Tóm tắt danh sách chính sử Trung Quốc, lịch sử thay đổi địa lý lãnh thổ Việt Nam.
   • Đại Nam nhất thống chí do Hoàng Hữu Xứng, Nguyễn Hữu Độ, Phan Đình Bình, Nguyễn Thuật, Hoàng Hữu Thường soạn thời Tự Đức. Viết về từng tỉnh trong cả Việt Nam và một số lãnh thổ kề cận bấy giờ.
   • Đồng Khánh địa dư chí lược soạn từ 1886 đến 1886, nội dung lấy từ Đại Nam nhất thống chí và sắp xếp lại.
2. Địa phương chí
   • Bắc thành địa dư chí của Lê Chất và Nguyễn Văn Lý
   • Gia Định thành thông chí của Trịnh Hoài Đức
   • Hải Dương địa dư và Hải Đông chí lược của Ngô Thời Nhậm
   • Bắc Ninh tỉnh chí
   • Hưng Yên nhất thống chí
   • Hưng Hóa chí lược
   • Sơn Tây tỉnh chí
   • Nam Định tỉnh địa dư chí
   • Hoan Châu phong thổ chí
   • Nghệ An ký của Bùi Dương Lịch
   • Thanh Hóa tỉnh chí
   • Quảng Nam tỉnh chí lược
   • Cam Lộ phủ chí

Lịch sử, văn học, pháp luật

• Đại Nam thực lục (hai quyển là tiền biên và chính biên)
• Đại Nam liệt truyện
• Minh Mệnh chính yếu
• Khâm định Việt sử thông giám cương mục
• Đồng Khánh Khải Định chính yếu
• Quốc triều sử toát yếu
• Khâm định Đại Nam hội điển sự lệ
• Khâm định tiễu bình lưỡng kỳ nghịch phỉ chính biên
• Minh Mệnh ngự chế văn
• Minh Mệnh ngự chế thi tập
• Ngự đề đồ hội thi tập
• Triệu Trị ngự chế thi
• Tự Đức ngự chế thi
• Tự Đức ngự chế văn
• Ngọc điệp Tôn phổ